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　藤田保健衛生大学病院での臨床教育は藤田学園建学の精神｢獨創一理｣に基づき、病者に共感する心を持ち、ほかの医療者と協調して最良の医療を行い、かつ後継者の育成に積極的な良い臨床医を育てることを目的としております。初期臨床研修は｢医師としての人格を涵養し、将来の専門性にかかわらずプライマリ･ケア医としての基本を身につけるために必須の知識、態度、技能のessential minimumを確実に修得する｣ことを目標として全国的にほぼ画一化されたプログラムで実施され、医師の長期にわたる研修過程での位置づけも自ずと明確になってきました。このような体制の整備を踏まえ、初期研修修了後の臨床研修では一般目標を｢自分の目標とする医師像を実現するために必要なプログラム(大学院も含む)を選択して、質の高い臨床診療能力を修得する｣こととしました。この目標の到達に向けて内科、外科を始めすべての診療科では、最近特に認識が高まった専門医資格の取得を前提とした研修プログラムを設置しました。
　また、各診療科では学会専門医の修得のみにこだわらずに後期研修医の自主性を尊重し、多様な要求や目標の実現、キャリアデザインをサポートするコースも設定しております。初期研修の理念を受け継ぎ、救急総合診療･プライマリケア･クリティカルケアなどの能力の一層の向上を目的に、初期研修修了後3〜4年目に、救急総合診療部(ER)ないし麻酔科研修のいずれかの3ヵ月研修(希望あれば二つとも研修可能)を設定しました。さらに患者の抱える様々な問題を的確に捉え、これに対応しうる医師の育成のためにより幅広い領域での研鑽を目的として、自由選択制を取り入れた総合研修プログラムを新たに設定しました。
　また、｢大学院の昼夜開講｣に伴い、従来の大学院に加え、病院で臨床医として働きながら大学院コースをとるいわゆる｢社会人大学院｣も新たに設定しました。 後期研修各科共通フォーマット版では、初期研修修了から10年先までの長いスパンでの進路を示しました。これには、先に述べました幾つかのコースが各診療科ごとに詳しく紹介されております。