現在(2002/12) のデータベース構成

gcg.fujita-hu.ac.jp に接続し、GCG リターンで表示されるところに、現在fujita net に存在しているデータベース一覧が載っています。

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 Wisconsin Package Version 10.2, Genetics Computer Group (GCG), Madison, Wisc.

        Databases available:
                GenBank               Release  133.0   (12/2002)
                EMBL (Abridged)       Release   73.0   (12/2002)
                GenPept               Release  133.0   (12/2002)
                PIR-Protein           Release   74.05  (12/2002)
                NRL_3D                Release   28.0   (01/2001)
                SWISS-PROT            Release   40.38  (12/2002)
                SP-TREMBL             Release   22.0   (10/2002)
                PROSITE               Release   17.31  (12/2002)
                Pfam                  Release    7.8   (12/2002)
                Restriction Enzymes (REBASE)           (12/2002)
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となっていると思います。

現在GenBank だけで、15G バイト以上にもなる巨大なデータベースであり、学内のGCGユーザーが限定されていること、また一方ではインターネット上で最新のデータベースをホモロジーサーチしたり、検索し、ファイルを取得することも容易になってきたため、fujita net のハードディスクをGenbank データベースで占有することは、合理的ではないだろうという考えもあります。しかしながら、データベースを持っていればすぐに fetch コマンドで落とし、GCGで解析できますが、Genbank からデータを取ってくるとなると、ファイル変換という手間をかける必要があります。
この問題は、今後のユーザー数の増加やユーザーの声によって議論され、変更要求可能なことだと思います。

GenBankのデータは定期的に更新していますが、最新のデータベースを検索する場合は、インターネット上のサイトを利用しましょう。
 

ホモロジー検索

GenomeNet Blast (Japan)
国立遺伝学研究所 Blast, Fasta (Japan)
農水省生物資源研究所 Blast 2.0 (Japan)

NCBI Blast 2.0 (USA)
農水省生物資源研究所 MPsrch (Japan)
EMBL Blast


キーワード検索 & ファイル取得

Genbank Database (USA)

Genbank EST Database (USA)
国立遺伝学研究所 WAIS-SF (Japan)
農水省生物資源研究所 DISC (Japan)
GenomeNet DBGET (Japan)
国立遺伝学研究所 getentry (Japan)
これらのサイトは、安定して繋がりやすく、またコンピュータの性能も良いため、結果を比較的早く見ることができます。Web上で結果がでるもの、e-mail で返事が来るものなど、好みにより使い分けたらよいと思います。どのサイトも使用しているデータベースは毎日更新されているため、ほとんど同じものだと思います。
 


kmiura@@fujita-hu.ac.jp   (←@を一つ消してください)

Last update:03/07/2006