GCG の紹介

藤田ネット上で無料で使用できるDNA, RNA, Protein等のコンピュータ解析ソフトウェア GCG Wisconsin Package(以下 GCG )を紹介します。すでにご存じで使用されている方もいらっしゃるとは思いますが、その存在も知らない方も多いと思いますので、ここでご案内させていただきます。
 

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初めての方のために、簡単にGCGについて説明しておきます。
GCGは1982年、米国 Wisconsin大学の遺伝学科で開発、UWGCG (University ofWisconsin Genetics Computer Group )と名付けられました。1990年に民間企業となり、ソフト名もGCG Wisconsin Packageになり今日まで続いています。1999年1月 Version 10.0 がリリースされ、現在Version 10.3が動いています。2001年より販売会社がAccelrys(アクセルリス)となっています。

GCGは、米国を中心に世界50カ国、530以上の研究機関で 8万名以上の研究者が利用しており、日本国内でも約70機関が利用しています。 研究者の間で配列データの交換を行う場合などに“GCG Formatで”というだけでデータの受け渡しができ、GCGはまさに世界標準になっています。

GCGでできる内容を大きく分類してみますと、

 1. Pairwise Comparison and Multiple Comparison (配列比較)
 2. Database Searching(DNA, Protein 等のデータベース検索)
  3. Editing and Publication(配列入力、論文作成用配列変換)
 4. Evolutionary Analysis(進化解析)
 5. Fragment Assembly(フラグメント結合)
 6. Gene finding and Pattern Recognition(遺伝子検索、パターン認識)
  7. Importing and Exporting(ファイルフォーマットの変換)
 8. Mapping(制限酵素地図、蛋白分解酵素地図などの作成)
  9. Primer Selection(PCRのための primer 設定)
 10. Protein Analysis(蛋白質解析)
 11. RNA Secondary Structure(RNA2次構造予測)
 12. Translate(翻訳 )
 13. Utilities

などです。

AccelrysのGCG解説ページ(英文)
 

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GCGには、ターミナルからコマンドを入力することでデータを処理するため方法と、、Internet explorerやnetscape などのブラウザを使用して処理するSeqWeb がありますが、SeqWebの使用料金が高騰したため、現在藤田ネットでは運用を停止しています。従いまして、ターミナルを介しての使用のみになります。

ターミナルによるGCGの使用法に関しましては、
http://www.fujita-hu.ac.jp/~kmiura/gcgman/gcgguide2.htm
に解説がありますので、ご覧ください。

このようなDNA, Protein解析ソフトは多くの会社から販売され、各研究室でそれぞれ購入されているところも多いかと思います。 GCGは 藤田ネットに接続できるコンピュータ全てから使うことが可能ですし、各研究室での費用を心配する必要はありません。
DNA, Protein等コンピュータ解析をする必要のある方、現在のソフトに満足できない方、他のソフトウェアのバージョンアップを考えられている方など一度試されたらいかがでしょうか?

なお、使用に際しましてわからないことがございましたら、私宛にご連絡ください。


kmiura@@fujita-hu.ac.jp   (←@を一つ消してください)

Last update:03/07/2006