GCG blast を使って、多 対 多 のホモロジー検索を自動で行う方法
    (赤字はターミナル上に入力するところです。)

1.まず5つのフォルダを作ります。
  名前は、bin, db-file, match, list, out です。

      bin       : プログラム
      db-file   : databaseになるファイル(拡張子seq or pep)を入れておく
      match     : マッチングさせたい配列のファイルを入れておく
      list      : ワークエリアでDBファイル(?)が実行の途中で作られる。
      out       : マッチング結果がマッチファイルの名前(拡張子は.blastn)で作成される。

  に利用されます。

  mkdir bin リターン といった操作で5つのディレクトリを作ってください。

2.プログラムとファイルを準備します。
  
  プログラムに関しましては、kmiura@fujita-hu.ac.jp  までご連絡ください。
  メールにて解説も含めてお送りします。

  ファイルの準備としては、db-file のフォルダにデータベースを構成させるファイルを入れます。
  GCGフォーマットで、seq (またはpep) の拡張子を付けたファイル名にしておきます。
  それらのファイルから、自動的にデータベースが構築されます。

  解析したいファイルを同じように拡張子を付け、match のフォルダに入れておきます。

3.bin のフォルダに移り、プログラムを動かします。

   ./bat と入れてリターン ( batだけではだめです )。 

  すると、バッチファイルの run_file という名前のファイルが作られます。

  ここで、
  csh run_file リターンで変換が開始され、その様子を見ることができます。

4.作業が終わったら、out のフォルダに移ると、.blastn の拡張子が付いた結果が
   出きているはずです。
 

注意: ./bat を実行すると ./bat: Permission denied. と表示されるかもしれません。

   その場合は、batの置いてあるディレクトリで、

   chmod +x bat と入れてリターンしてください。それ以後は ./bat は動くと思います。
 

付記: ここで使われるbatプログラムなどは、分子医学情報処理室、長嶋先生のご尽力によるものです。
 

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Last update:03/07/2006