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総合医科学研究所 遺伝子発見機構学

研究者リスト >> 嶋田 誠
 

最終確認日時:2018/04/24 11:07

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嶋田 誠

 
アバター
研究者氏名嶋田 誠
 
 
URLhttp://tinyurl.com/shimada-mk/
所属藤田医科大学
部署医科学研究センター 遺伝子発現機構学研究部門
職名講師
学位博士(理学)(京都大学)
その他の所属中京学院大学 看護学部
科研費研究者番号00528044
J-Global ID200901081274695690

プロフィール

Bioinformaticsのアプローチを中心にスプライシングについて研究しています。
以前は、野生の霊長類の集団遺伝研究のため、のべ1年くらいアフリカでフィールド・ワークをしたこともあります。
その後、進化遺伝学、ゲノム進化、生物情報(転写物や多型データベースの研究)と幅を広げてきました。

研究キーワード

 
DNA多型 ,ゲノム情報 ,進化 ,霊長類 ,人類 ,スプライシング ,集団遺伝 ,分子進化 ,genome evolution ,database ,mRNA splicing

研究分野

 
  • ライフサイエンス / 自然人類学 / 
  • ライフサイエンス / 進化生物学 / 
  • ライフサイエンス / 分子生物学 / 
  • ライフサイエンス / 遺伝学 / 
  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 / 

学歴

 
1993年4月
 - 
1998年3月
京都大学大学院 理学研究科博士課程 霊長類学専攻
 
1991年4月
 - 
1993年3月
京都大学大学院 理学研究科修士課程 霊長類学専攻
 
1986年4月
 - 
1990年3月
国際基督教大学 教養学部 理学科
 

経歴

 
2019年4月
 - 
現在
中京学院大学 看護学部 看護学科 非常勤講師 
 
2008年7月
 - 
現在
藤田医科大学 医科学研究センター(旧: 藤田保健衛生大学 総合医科学研究所) 遺伝子発現機構学研究部門 講師 
 
2008年4月
 - 
2008年6月
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター 研究員 
 
2006年1月
 - 
2008年3月
産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター 研究員 
 
2005年7月
 - 
2006年1月
パーレジェン サイエンス・ジャパン株式会社  研究員 
 

受賞

 
1999年7月
日本ナイル・エチオピア学会, 高島賞
嶋田誠 
 

論文

 
 
Makoto K. Shimada   Tsunetoshi Nishida   
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION   109 409-414   2017年4月   [査読有り]
Felsenstein's PHYLIP package of molecular phylogeny tools has been used globally since 1980. The programs are receiving renewed attention because of their character-based user interface, which has the advantage of being scriptable for use with lar...
 
Makoto K. Shimada   Ryoko Sanbonmatsu   Yumi Yamaguchi-Kabata   Chisato Yamasaki   Yoshiyuki Suzuki   Ranajit Chakraborty   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
MOLECULAR GENETICS AND GENOMICS   291(5) 1851-1869   2016年10月   [査読有り]
Short Tandem Repeats (STRs) comprise repeats of one to several base pairs. Because of the high mutability due to strand slippage during DNA synthesis, rapid evolutionary change in the number of repeating units directly shapes the range of repeat-n...
 
Makoto K. Shimada   Noriko Sasaki-Haraguchi   Akila Mayeda   
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES   16(5) 10376-10388   2015年5月   [査読有り]
According to the length distribution of human introns, there is a large population of short introns with a threshold of 65 nucleotides (nt) and a peak at 85 nt. Using human genome and transcriptome databases, we investigated the introns shorter th...
 
嶋田誠   
Research Bulletin, Saito Ho-on Kai Museum   78 77-85   2014年3月   [招待有り]
 
Craig Alan Gough   Keiichi Homma   Yumi Yamaguchi-Kabata   Makoto K. Shimada   Ranajit Chakraborty   Yasuyuki Fujii   Hisakazu Iwama   Shinsei Minoshima   Shigetaka Sakamoto   Yoshiharu Sato   Yoshiyuki Suzuki   Masahito Tada-Umezaki   Ken Nishikawa   Tadashi Imanishi   Takashi Gojobori   
PLOS ONE   7(11) e50445   2012年11月   [査読有り]
The relationship between sequence polymorphisms and human disease has been studied mostly in terms of effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) leading to single amino acid substitutions that change protein structure and function. However,...

MISC

 
 
嶋田 誠   
岩波『科学』   91(2) 178-181   2021年2月   [招待有り]
 
杉山 幸丸   松林 清明   庄武 孝義   川本 芳   嶋田 誠   
霊長類研究   36(2) 67-72   2020年12月
 
Makoto K. Shimada   Tsunetoshi Nishida   
bioRxiv      2020年3月
<title>Abstract</title>The application of current genome-wide sequencing techniques on human populations helps elucidate the considerable gene flow among genus<italic>Homo</italic>, which includes modern and archaic humans. Gene flow among current...
 
Makoto K. Shimada   
GENES & GENETIC SYSTEMS   91(6) 343-343   2016年12月   
 
Makoto K. Shimada   Ryoko Sanbonmatsu   Yumi Yamaguchi-Kabata   Chisato Yamasaki   Yoshiyuki Suzuki   Ranajit Chakraborty   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
GENES & GENETIC SYSTEMS   90(6) 385-385   2015年12月   

書籍等出版物

 
 
Shimada, Makoto (Ediotrs, Matsuzawa, Tetsuro, Humle, Tatyana, Sugiyama, Yukimaru, Tetsuro Matsuzawa, Tatyana Humle, Yukimaru Sugiyama(担当:共著, 範囲:Chap. 34, pp339-345, Genetic variation in the chimpanzees of Bossou and Nimba.; Append. E, DNA sequencing data, pp416-419)
Springer   2011年6月   (ISBN:4431539204)   

講演・口頭発表等

 
 
嶋田誠   
第75回インシリコ・メガバンク研究会   2016年9月2日   東北大学東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門 バイオメディカル情報解析分野   [招待有り]
数塩基の短い塩基配列の反復である、STR (Short Tandem Repeat) は反復数変化が高頻度に起こる。そこで反復数の高変異性を通じて、適応的形質や進化的安定状態を速やかに獲得したとする仮説が提唱されている。反面、ヒトの反復配列には、神経変性疾患の原因となる反復配列が複数知られている。そのような危険な複数の反復配列がなぜ人類集団に維持されているのか、良くわかっていない。我々は自分たちが構築し公開している、遺伝子データベース、H-invDBに多型情報を統合することで、ヒトゲノム中...
 
嶋田誠   
武蔵野大学 人間科学研究所シンポジウム 知性はどこから来たか - こころの進化と遺伝 -   2015年12月4日   武蔵野大学 人間科学研究所   [招待有り]
 
嶋田誠   
第102回システム自然科学研究科セミナー   2014年5月19日   名古屋市立大学システム自然科学研究科   [招待有り]
 
嶋田誠   
科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」第6回研究大会   2013年1月12日   科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」『ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相:学習能力の進化に基づく実証的研究』   
 
嶋田誠   
International Conference on Replacement of Neanderthals by Modern Humans: Testing Evolutionary Models of Learning (RNMH2012)   2012年11月18日   新学術領域「交替劇」   

所属学協会

 
 
   
 
情報計算化学生物学会(CBI学会)
 
   
 
日本RNA学会
 
   
 
日本分子生物学会
 
   
 
日本霊長類学会
 
   
 
日本遺伝学会

委員歴

 
2020年4月
 - 
現在
藤田医科大学  アセンブリII運営委員会 委員
 
2016年2月
 - 
現在
Editorial Board member of "Advances in Bioinformatics"
 
2012年6月
 - 
現在
Editorial Board Member of "International Journal of Evolution"
 
2014年11月
 - 
2015年10月
藤田医学会  第47回大会 実行委員
 
2011年
 - 
2013年6月
Editorial board member of “Sequencing”
 

共同研究・競争的資金等の研究課題

 
 
頻度分布が明らかにする、人類固有のポリグルタミン病の謎
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
嶋田 誠 
研究期間: 2021年4月 - 2024年3月
 
反復多型より探る環境適応における多様性の役割
文部科学省: 科学研究費補助金 新学術領域研究
研究期間: 2020年4月 - 2022年3月
 
現代人類集団におけるグルタミン反復多型多様化の意義
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
嶋田 誠 
研究期間: 2018年4月 - 2021年3月
 
イントロン長分布の多角的解析によるヒト・スプライシング機構の進化的解明
文部科学省: 科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金) [平成24-7年度計430万円]
嶋田誠 
研究期間: 2012年4月 - 2016年3月
 
現生人類集団中に見られる絶滅古人類起源ハプロタイプより両者の混血と交替劇を探る
文部科学省: 科学研究費補助金 新学術領域研究「ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相:学習能力の進化に基づく実証的研究」#1201 招待(公募)研究
嶋田誠 
研究期間: 2011年4月 - 2013年3月

担当経験のある科目(授業)

 
2021年1月
 - 
現在
医学研究演習 (藤田医科大学 医学部)
2020年4月
 - 
現在
アセンブリII「コミュニケーション力を高めよう」 (藤田医科大学)
2020年4月
 - 
現在
生命科学特論I (進化医学ゲノミクス) [英語] (藤田医科大学 大学院医学研究科 医科学専攻)
2019年4月
 - 
現在
情報処理と管理 (中京学院大学)
2012年10月
 - 
2012年10月
実践バイオインフォマティクス:生物系研究者のための配列解析 (名古屋大学グローバルCOEプログラム系統講義2012年度)

メディア報道

 
 
中日新聞社   中日新聞 夕刊   2014年1月   [新聞・雑誌]
文部科学省科研費 新学術領域(新学術領域「交代劇」・公募研究)研究紹介
 
AAAS   Science誌News欄   Science 308: 490-491, 22 April 2005   2005年4月   [会誌・広報誌]
Shimada et al. (2007) 論文の内容を学会発表(The 74th Annual Meeting of American Association of Physical Anthropologists)した際の、Scienceの記者による報告。

社会貢献活動

 
 
【講師,助言・指導,実演】
藤田医科大学 広報部 メディカル・フロント 2019 2019年11月16日
 
【運営参加・支援】
藤田医科大学医学部 2019年8月3日
 
【企画,運営参加・支援,実演】
藤田医科大学 総合医科学研究所 2019年4月20日
 
【講師】
国際基督教大学 C-week 本部 2017 C-week 本部企画 特別講演 (国際基督教大学 ホームページ > News) 2017年5月25日
 
【企画,運営参加・支援,実演】
藤田保健衛生大学 総合医科学研究所 遺伝子・脳・こころ ーこころは遺伝子でどこまで決まるのかー 2017年4月22日

その他

 
 
国立研究開発法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター主催データベース講習会受け入れ機関の選考に応募した結果、藤田保健衛生大学が全国6機関のひとつとして選出された。学内外から約60名の参加があり、二日間にわたって、ライフサイエンス研究データベースの利用法、次世代シークエンサー・データ解析法などを中心に研修の機会を提供した。応募、受入れ準備、学内外関係機関との連絡、宣伝などほぼ全ての準備の統括を行った。
https://biosciencedbc.jp/event/ajacs/ajacs64.html
 
 
(1) ポリグルタミン病の世界規模での集団発生頻度等の疫学情報、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
 
 
(1) HapSTR解析(STR/マイクロサテライト多型を隣接領域のSNPハプロタイプとの連携により、STRの同祖性を保証するもの。Shimada et al. Mol Biol Evol, 2007)、
(2) VarySysDB(ヒト遺伝子多様性データベース。Shimada et al. Nucleic Acids Res, 2009)、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
 

教育内容・方法の工夫(授業評価等を含む)

 
 
 

作成した教科書、教材、参考書

 
 

その他教育活動上特記すべき事項