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医科学研究センター

研究者リスト >> 嶋田 誠
 

最終確認日時:2018/04/24 11:07

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嶋田 誠

 
アバター
研究者氏名嶋田 誠
 
 
URLhttp://tinyurl.com/shimada-mk/
所属藤田医科大学
部署医科学研究センター 遺伝子発現機構学研究部門
職名講師
学位博士(理学)(京都大学)
その他の所属中京学院大学 看護学部
科研費研究者番号00528044
J-Global ID200901081274695690

プロフィール

Bioinformaticsのアプローチを中心にスプライシングについて研究しています。
以前は、野生の霊長類の集団遺伝研究のため、のべ1年くらいアフリカでフィールド・ワークをしたこともあります。
その後、進化遺伝学、ゲノム進化、生物情報(転写物や多型データベースの研究)と幅を広げてきました。

研究キーワード

 
多様性 ,DNA多型 ,ゲノム情報 ,進化 ,霊長類 ,人類 ,スプライシング ,集団遺伝 ,分子進化 ,genome evolution ,database ,mRNA splicing

研究分野

 
  • ライフサイエンス / 自然人類学 / 
  • ライフサイエンス / 進化生物学 / 
  • ライフサイエンス / 分子生物学 / 
  • ライフサイエンス / 遺伝学 / 
  • 情報通信 / 生命、健康、医療情報学 / 

学歴

 
1993年4月
 - 
1998年3月
京都大学大学院 理学研究科博士課程 霊長類学専攻
 
1991年4月
 - 
1993年3月
京都大学大学院 理学研究科修士課程 霊長類学専攻
 
1986年4月
 - 
1990年3月
国際基督教大学 教養学部 理学科
 

経歴

 
2019年4月
 - 
現在
中京学院大学 看護学部 看護学科 非常勤講師 
 
2008年7月
 - 
現在
藤田医科大学 医科学研究センター(旧: 藤田保健衛生大学 総合医科学研究所) 遺伝子発現機構学研究部門 講師 
 
2008年4月
 - 
2008年6月
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター 研究員 
 
2006年1月
 - 
2008年3月
産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター 研究員 
 
2005年7月
 - 
2006年1月
パーレジェン サイエンス・ジャパン株式会社  研究員 
 

受賞

 
1999年7月
日本ナイル・エチオピア学会, 高島賞
嶋田誠 
 

論文

 
 
Craig Alan Gough   Keiichi Homma   Yumi Yamaguchi-Kabata   Makoto K. Shimada   Ranajit Chakraborty   Yasuyuki Fujii   Hisakazu Iwama   Shinsei Minoshima   Shigetaka Sakamoto   Yoshiharu Sato   Yoshiyuki Suzuki   Masahito Tada-Umezaki   Ken Nishikawa   Tadashi Imanishi   Takashi Gojobori   
PLOS ONE   7(11) e50445   2012年11月   [査読有り]
The relationship between sequence polymorphisms and human disease has been studied mostly in terms of effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) leading to single amino acid substitutions that change protein structure and function. However,...
 
Shimada   Makoto K   
International Journal of Evolution   1(1) 1   2012年7月   [招待有り]
 
Noriko Sasaki-Haraguchi   Makoto K. Shimada   Ichiro Taniguchi   Mutsuhito Ohno   Akila Mayeda   
BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   423(2) 289-294   2012年6月   [査読有り]
It is unknown how very short introns (<65 nt; termed 'ultra-short' introns) could be spliced in a massive spliceosome (>2.7 MDa) without steric hindrance. By screening an annotated human transcriptome database (H-InvDB), we identified three ...
 
Shimada   Makoto K   Kanasashi, Tsutomu   
Nature Precedings      2011年12月   
現代人類集団は、混血によって古代人のヒト由来の「古代ハプロタイプ」を含むことが知られている。それらのうちのいくつかは、HapMapのようなヒトゲノム多様性データベースの開発の前に報告されていた。そのため、それらの検査ゲノム領域と現実集団での連鎖不均衡(LD)領域との関係性について情報が不足している。 LD内の遺伝情報は密接に関連しているので、古代ハプロタイプを含むLD領域を知ることは、混血事象の基本パラメータを推定し、古代ハプロタイプと関連した生物学的機能を推測するのに有用である。これらの...
 
Makoto K. Shimada   Yosuke Hayakawa   Jun-ichi Takeda   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY   10 122   2010年4月   [査読有り]
Background: Alternative splicing (AS) is a key molecular process that endows biological functions with diversity and complexity. Generally, functional redundancy leads to the generation of new functions through relaxation of selective pressure in ...

MISC

 
 
嶋田 誠   
岩波『科学』   91(2) 178-181   2021年2月   [招待有り]
 
杉山 幸丸   松林 清明   庄武 孝義   川本 芳   嶋田 誠   
霊長類研究   36(2) 67-72   2020年12月
 
Makoto K. Shimada   Tsunetoshi Nishida   
bioRxiv      2020年3月
<title>Abstract</title>The application of current genome-wide sequencing techniques on human populations helps elucidate the considerable gene flow among genus<italic>Homo</italic>, which includes modern and archaic humans. Gene flow among current...
 
Makoto K. Shimada   
GENES & GENETIC SYSTEMS   91(6) 343-343   2016年12月   
 
Makoto K. Shimada   Ryoko Sanbonmatsu   Yumi Yamaguchi-Kabata   Chisato Yamasaki   Yoshiyuki Suzuki   Ranajit Chakraborty   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
GENES & GENETIC SYSTEMS   90(6) 385-385   2015年12月   

書籍等出版物

 
 
丸善出版   2023年7月   (ISBN:9784621308042)
日本霊長類学会が総力をあげて編集した、霊長類を総合理解するために編まれた事典。霊長類学の歴史をたどった上で、霊長類の分類・系統・進化、形態、遺伝、脳や生理・医科学、心理・認知、行動、社会と生態などの側面から霊長類研究にアプローチし、ひいては野生霊長類の保全や飼育霊長類の福祉の向上にも活かせる話題豊富な内容。また、ヒトも霊長類の一種であるため、ヒトのもつ形質の起源とその進化の研究にも活用でき、人類学的関心の追求にも役立つ中項目事典。
 
Shimada, Makoto (Ediotrs, Matsuzawa, Tetsuro, Humle, Tatyana, Sugiyama, Yukimaru, Tetsuro Matsuzawa, Tatyana Humle, Yukimaru Sugiyama(担当:共著, 範囲:Chap. 34, pp339-345, Genetic variation in the chimpanzees of Bossou and Nimba.; Append. E, DNA sequencing data, pp416-419)
Springer   2011年6月   (ISBN:4431539204)   

講演・口頭発表等

 
 
嶋田誠   
第75回インシリコ・メガバンク研究会   2016年9月2日   東北大学東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門 バイオメディカル情報解析分野   [招待有り]
数塩基の短い塩基配列の反復である、STR (Short Tandem Repeat) は反復数変化が高頻度に起こる。そこで反復数の高変異性を通じて、適応的形質や進化的安定状態を速やかに獲得したとする仮説が提唱されている。反面、ヒトの反復配列には、神経変性疾患の原因となる反復配列が複数知られている。そのような危険な複数の反復配列がなぜ人類集団に維持されているのか、良くわかっていない。我々は自分たちが構築し公開している、遺伝子データベース、H-invDBに多型情報を統合することで、ヒトゲノム中...
 
嶋田誠   
武蔵野大学 人間科学研究所シンポジウム 知性はどこから来たか - こころの進化と遺伝 -   2015年12月4日   武蔵野大学 人間科学研究所   [招待有り]
 
嶋田誠   
第102回システム自然科学研究科セミナー   2014年5月19日   名古屋市立大学システム自然科学研究科   [招待有り]
 
嶋田誠   
科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」第6回研究大会   2013年1月12日   科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」『ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相:学習能力の進化に基づく実証的研究』   
 
嶋田誠   
International Conference on Replacement of Neanderthals by Modern Humans: Testing Evolutionary Models of Learning (RNMH2012)   2012年11月18日   新学術領域「交替劇」   

所属学協会

 
 
   
 
情報計算化学生物学会(CBI学会)
 
   
 
日本RNA学会
 
   
 
日本分子生物学会
 
   
 
日本霊長類学会
 
   
 
日本遺伝学会

委員歴

 
2020年4月
 - 
現在
藤田医科大学  アセンブリII運営委員会 委員
 
2016年2月
 - 
現在
Editorial Board member of "Advances in Bioinformatics"
 
2012年6月
 - 
2013年12月
Editorial Board Member of "International Journal of Evolution"
 
2011年
 - 
2013年6月
Editorial board member of “Sequencing”
 

共同研究・競争的資金等の研究課題

 
 
研究期間: 2022年4月 - 2024年3月
 
頻度分布が明らかにする、人類固有のポリグルタミン病の謎
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
嶋田 誠 
研究期間: 2021年4月 - 2024年3月
 
反復多型より探る環境適応における多様性の役割
文部科学省: 科学研究費補助金 新学術領域研究
研究期間: 2020年4月 - 2022年3月
 
現代人類集団におけるグルタミン反復多型多様化の意義
日本学術振興会: 科学研究費助成事業 基盤研究(C)
嶋田 誠 
研究期間: 2018年4月 - 2021年3月
 
イントロン長分布の多角的解析によるヒト・スプライシング機構の進化的解明
文部科学省: 科学研究費助成事業(学術研究助成基金助成金) [平成24-7年度計430万円]
嶋田誠 
研究期間: 2012年4月 - 2016年3月

担当経験のある科目(授業)

 
2022年3月
 - 
現在
Student Researcher Program (SRP) (藤田医科大学)
2021年1月
 - 
現在
医学研究演習 (藤田医科大学 医学部)
2020年4月
 - 
現在
アセンブリII(専門職連携の基盤づくり「チームワーク構築」) (藤田医科大学)
2020年4月
 - 
現在
生命科学特論I (進化医学ゲノミクス) [英語] (藤田医科大学 大学院医学研究科 医科学専攻)
2019年4月
 - 
現在
情報処理と管理 (中京学院大学)

メディア報道

 
 
中日新聞社   中日新聞 夕刊   2014年1月   [新聞・雑誌]
文部科学省科研費 新学術領域(新学術領域「交代劇」・公募研究)研究紹介
 
AAAS   Science誌News欄   Science 308: 490-491, 22 April 2005   2005年4月   [会誌・広報誌]
Shimada et al. (2007) 論文の内容を学会発表(The 74th Annual Meeting of American Association of Physical Anthropologists)した際の、Scienceの記者による報告。

学術貢献活動

 
 
査読
 2022年 - 2022年
 
査読
 2021年 - 2021年
 
査読
日本学術振興会 2019年12月1日 - 2020年11月30日
 
査読
 2020年 - 2020年
 
査読
 2019年 - 2019年

社会貢献活動

 
 
【講師】
知立市生涯学習スポーツ課 生涯学習推進講座「知を立てる講座」 2023年9月10日
はじめに、研究者として目指すのは、人類共有財産である共有知蓄積のために、新発見することであることを話した。次に、遺伝子の個体内での発現、世代を超え伝わること獲得形質の遺伝にまつわる歴史と現状を概観した。そして、個性多様化が現代人類の一大特徴である根拠として、ポリグルタミン反復多型の進化に関する研究の背景、結果、その意義を解説した。さらに最近の社会や組織における多様性・ダイバーシティーについて、一緒に考察した。
 
【講師,助言・指導,実演】
藤田医科大学 広報部 メディカル・フロント 2019 2019年11月16日
 
【運営参加・支援】
藤田医科大学医学部 2019年8月3日
 
【企画,運営参加・支援,実演】
藤田医科大学 総合医科学研究所 2019年4月20日
 
【講師】
国際基督教大学 C-week 本部 2017 C-week 本部企画 特別講演 (国際基督教大学 ホームページ > News) 2017年5月25日

その他

 
 
(1) ポリグルタミン病の世界規模での集団発生頻度等の疫学情報、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
 
 
(1) HapSTR解析(STR/マイクロサテライト多型を隣接領域のSNPハプロタイプとの連携により、STRの同祖性を保証するもの。Shimada et al. Mol Biol Evol, 2007)、
(2) VarySysDB(ヒト遺伝子多様性データベース。Shimada et al. Nucleic Acids Res, 2009)、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
 

教育内容・方法の工夫(授業評価等を含む)

 
 
 

作成した教科書、教材、参考書

 
 

その他教育活動上特記すべき事項