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研究者氏名 嶋田 誠
URL http://tinyurl.com/shimada-mk/ 所属 藤田医科大学 部署 医科学研究センター 遺伝子発現機構学研究部門 職名 講師 学位 博士(理学)(京都大学) その他の所属 中京学院大学 看護学部 科研費研究者番号 00528044 J-Global ID 200901081274695690
プロフィール Bioinformaticsのアプローチを中心にスプライシングについて研究しています。 以前は、野生の霊長類の集団遺伝研究のため、のべ1年くらいアフリカでフィールド・ワークをしたこともあります。 その後、進化遺伝学、ゲノム進化、生物情報(転写物や多型データベースの研究)と幅を広げてきました。
研究キーワード
多様性
,DNA多型
,ゲノム情報
,進化
,霊長類
,人類
,スプライシング
,集団遺伝
,分子進化
,genome evolution
,database
,mRNA splicing
研究分野
ライフサイエンス / 自然人類学 /
ライフサイエンス / 進化生物学 /
ライフサイエンス / 分子生物学 /
ライフサイエンス / 遺伝学 /
情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /
学歴
1993年4月
-
1998年3月
京都大学大学院 理学研究科博士課程 霊長類学専攻
1991年4月
-
1993年3月
京都大学大学院 理学研究科修士課程 霊長類学専攻
1986年4月
-
1990年3月
国際基督教大学 教養学部 理学科
経歴
2019年4月
-
現在
中京学院大学 看護学部 看護学科 非常勤講師
2008年7月
-
現在
藤田医科大学 医科学研究センター(旧: 藤田保健衛生大学 総合医科学研究所) 遺伝子発現機構学研究部門 講師
2008年4月
-
2008年6月
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター 研究員
2006年1月
-
2008年3月
産業技術総合研究所 生物情報解析研究センター 研究員
2005年7月
-
2006年1月
パーレジェン サイエンス・ジャパン株式会社 研究員
受賞
1999年7月
日本ナイル・エチオピア学会, 高島賞嶋田誠
論文
Makoto K. Shimada   Sachiko Hayakawa   Shiho Fujita   Yukimaru Sugiyama   Naruya Saitou   
FOLIA PRIMATOLOGICA 80(1) 19-32 2009年4月 [査読有り]
Maternal kinship is important in primate societies because it affects individual behaviour as well as the sustainability of populations. All members of the Bossou chimpanzee community are descended from 8 individuals (herein referred to as origina...
Makoto K. Shimada   Ryuzou Matsumoto   Yosuke Hayakawa   Ryoko Sanbonmatsu   Craig Gough   Yumi Yamaguchi-Kabata   Chisato Yamasaki   Tadashi Imanishi   Takashi Gojobori   
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 37 D810-D815 2009年1月 [査読有り]
Creation of a vast variety of proteins is accomplished by genetic variation and a variety of alternative splicing transcripts. Currently, however, the abundant available data on genetic variation and the transcriptome are stored independently and ...
Yumi Yamaguchi-Kabata   Makoto K. Shimada   Yosuke Hayakawa   Shinsei Minoshima   Ranajit Chakraborty   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
PLOS ONE 3(10) e3393 2008年10月 [査読有り]
Background: A great amount of data has been accumulated on genetic variations in the human genome, but we still do not know much about how the genetic variations affect gene function. In particular, little is known about the distribution of nonsen...
Chisato Yamasaki   Katsuhiko Murakami   Yasuyuki Fujii   Yoshiharu Sato   Erimi Harada   Jun-Ichi Takeda   Takayuki Taniya   Ryuichi Sakate   Shingo Kikugawa   Makoto Shimada   Motohiko Tanino   Kanako O. Koyanagi   Roberto A. Barrero   Craig Gough   Hong-Woo Chun   Takuya Habara   Hideki Hanaoka   Yosuke Hayakawa   Phillip B. Hilton   Yayoi Kaneko   Masako Kanno   Yoshihiro Kawahara   Toshiyuki Kawamura   Akihiro Matsuya   Naoki Nagata   Kensaku Nishikata   Akiko Ogura Noda   Shin Nurimoto   Naomi Saichi   Hiroaki Sakai   Ryoko Sanbonmatsu   Rie Shiba   Mami Suzuki   Kazuhiko Takabayashi   Aiko Takahashi   Takuro Tamura   Masayuki Tanaka   Susumu Tanaka   Fusano Todokoro   Kaori Yamaguchi   Naoyuki Yamamoto   Toshihisa Okido   Jun Mashima   Aki Hashizume   Lihua Jin   Kyung-Bum Lee   Yi-Chueh Lin   Asami Nozaki   Katsunaga Sakai   Masahito Tada   Satoru Miyazaki   Takashi Makino   Hajime Ohyanagi   Naoki Osato   Nobuhiko Tanaka   Yoshiyuki Suzuki   Kazuho Ikeo   Naruya Saitou   Hideaki Sugawara   Claire O'Donovan   Tamara Kulikova   Eleanor Whitfield   Brian Halligan   Mary Shimoyama   Simon Twigger   Kei Yura   Kouichi Kimura   Tomohiro Yasuda   Tetsuo Nishikawa   Yutaka Akiyama   Chie Motono   Yuri Mukai   Hideki Nagasaki   Makiko Suwa   Paul Horton   Reiko Kikuno   Osamu Ohara   Doron Lancet   Eric Eveno   Esther Graudens   Sandrine Imbeaud   Marie Anne Debily   Yoshihide Hayashizaki   Clara Amid   Michael Han   Andreas Osanger   Toshinori Endo   Michael A. Thomas   Mika Hirakawa   Wojciech Makalowski   Mitsuteru Nakao   Nam-Soon Kim   Hyang-Sook Yoo   Sandro J. De Souza   Maria de Fatima Bonaldo   Yoshihito Niimura   Vladimir Kuryshev   Ingo Schupp   Stefan Wiemann   Matthew Bellgard   Masafumi Shionyu   Libin Jia   Danielle Thierry-Mieg   Jean Thierry-Mieg   Lukas Wagner   Qinghua Zhang   Mitiko Go   Shinsei Minoshima   Masafumi Ohtsubo   Kousuke Hanada   Peter Tonellato   Takao Isogai   Ji Zhang   Boris Lenhard   Sangsoo Kim   Zhu Chen   Ursula Hinz   Anne Estreicher   Kenta Nakai   Izabela Makalowska   Winston Hide   Nicola Tiffin   Laurens Wilming   Ranajit Chakraborty   Marcelo Bento Soares   Maria Luisa Chiusano   Yutaka Suzuki   Charles Auffray   Yumi Yamaguchi-Kabata   Takeshi Itoh   Teruyoshi Hishiki   Satoshi Fukuchi   Ken Nishikawa   Sumio Sugano   Nobuo Nomura   Yoshio Tateno   Tadashi Imanishi   Takashi Gojobori   
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36 D793-D799 2008年1月 [査読有り]
Here we report the new features and improvements in our latest release of the H-Invitational Database (H-InvDB; http://www.h-invitational.jp/), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. H-InvDB, originally developed as a...
Makoto K. Shimada   Karuna Panchapakesan   Sarah A. Tishkoff   Alejandro Q. Nato   Jody Hey   
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 24(3) 687-698 2007年3月 [査読有り]
The population genetic history of a 10.1-kbp noncoding region of the human X chromosome was studied using the males of the HGDP-CEPH Human Genome Diversity Panel (672 individuals from 52 populations). The geographic distribution of patterns of var...
MISC
嶋田 誠   
岩波『科学』 91(2) 178-181 2021年2月 [招待有り]
杉山 幸丸   松林 清明   庄武 孝義   川本 芳   嶋田 誠   
霊長類研究 36(2) 67-72 2020年12月
Makoto K. Shimada   Tsunetoshi Nishida   
bioRxiv 2020年3月
<title>Abstract</title>The application of current genome-wide sequencing techniques on human populations helps elucidate the considerable gene flow among genus<italic>Homo</italic>, which includes modern and archaic humans. Gene flow among current...
Makoto K. Shimada   
GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 343-343 2016年12月
Makoto K. Shimada   Ryoko Sanbonmatsu   Yumi Yamaguchi-Kabata   Chisato Yamasaki   Yoshiyuki Suzuki   Ranajit Chakraborty   Takashi Gojobori   Tadashi Imanishi   
GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 385-385 2015年12月
書籍等出版物
丸善出版 2023年7月 (ISBN:9784621308042)
日本霊長類学会が総力をあげて編集した、霊長類を総合理解するために編まれた事典。霊長類学の歴史をたどった上で、霊長類の分類・系統・進化、形態、遺伝、脳や生理・医科学、心理・認知、行動、社会と生態などの側面から霊長類研究にアプローチし、ひいては野生霊長類の保全や飼育霊長類の福祉の向上にも活かせる話題豊富な内容。また、ヒトも霊長類の一種であるため、ヒトのもつ形質の起源とその進化の研究にも活用でき、人類学的関心の追求にも役立つ中項目事典。
Shimada, Makoto (Ediotrs, Matsuzawa, Tetsuro, Humle, Tatyana, Sugiyama, Yukimaru, Tetsuro Matsuzawa, Tatyana Humle, Yukimaru Sugiyama(担当:共著, 範囲:Chap. 34, pp339-345, Genetic variation in the chimpanzees of Bossou and Nimba.; Append. E, DNA sequencing data, pp416-419)
Springer 2011年6月 (ISBN:4431539204)
講演・口頭発表等
嶋田誠   
第75回インシリコ・メガバンク研究会 2016年9月2日 東北大学東北メディカル・メガバンク機構 ゲノム解析部門 バイオメディカル情報解析分野 [招待有り]
数塩基の短い塩基配列の反復である、STR (Short Tandem Repeat) は反復数変化が高頻度に起こる。そこで反復数の高変異性を通じて、適応的形質や進化的安定状態を速やかに獲得したとする仮説が提唱されている。反面、ヒトの反復配列には、神経変性疾患の原因となる反復配列が複数知られている。そのような危険な複数の反復配列がなぜ人類集団に維持されているのか、良くわかっていない。我々は自分たちが構築し公開している、遺伝子データベース、H-invDBに多型情報を統合することで、ヒトゲノム中...
嶋田誠   
武蔵野大学 人間科学研究所シンポジウム 知性はどこから来たか - こころの進化と遺伝 - 2015年12月4日 武蔵野大学 人間科学研究所 [招待有り]
嶋田誠   
第102回システム自然科学研究科セミナー 2014年5月19日 名古屋市立大学システム自然科学研究科 [招待有り]
嶋田誠   
科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」第6回研究大会 2013年1月12日 科学研究費補助金新学術領域研究「交替劇」『ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相:学習能力の進化に基づく実証的研究』
嶋田誠   
International Conference on Replacement of Neanderthals by Modern Humans: Testing Evolutionary Models of Learning (RNMH2012) 2012年11月18日 新学術領域「交替劇」
委員歴
2020年4月
-
現在
藤田医科大学 アセンブリII運営委員会 委員
2016年2月
-
現在
Editorial Board member of "Advances in Bioinformatics"
2012年6月
-
2013年12月
Editorial Board Member of "International Journal of Evolution"
2011年
-
2013年6月
Editorial board member of “Sequencing”
担当経験のある科目(授業)
2022年3月
-
現在
Student Researcher Program (SRP) (藤田医科大学)
2021年1月
-
現在
医学研究演習 (藤田医科大学 医学部)
2020年4月
-
現在
アセンブリII(専門職連携の基盤づくり「チームワーク構築」) (藤田医科大学)
2020年4月
-
現在
生命科学特論I (進化医学ゲノミクス) [英語] (藤田医科大学 大学院医学研究科 医科学専攻)
2019年4月
-
現在
情報処理と管理 (中京学院大学)
Works(作品等)
嶋田誠 1993年9月 - 1994年6月 その他
学術貢献活動
査読日本学術振興会 2019年12月1日 - 2020年11月30日
社会貢献活動
【講師】知立市生涯学習スポーツ課 生涯学習推進講座「知を立てる講座」 2023年9月10日
はじめに、研究者として目指すのは、人類共有財産である共有知蓄積のために、新発見することであることを話した。次に、遺伝子の個体内での発現、世代を超え伝わること獲得形質の遺伝にまつわる歴史と現状を概観した。そして、個性多様化が現代人類の一大特徴である根拠として、ポリグルタミン反復多型の進化に関する研究の背景、結果、その意義を解説した。さらに最近の社会や組織における多様性・ダイバーシティーについて、一緒に考察した。
【講師,助言・指導,実演】藤田医科大学 広報部 メディカル・フロント 2019 2019年11月16日
【運営参加・支援】藤田医科大学医学部 2019年8月3日
【企画,運営参加・支援,実演】藤田医科大学 総合医科学研究所 2019年4月20日
【講師】国際基督教大学 C-week 本部 2017 C-week 本部企画 特別講演 (国際基督教大学 ホームページ > News) 2017年5月25日
その他
(1) ポリグルタミン病の世界規模での集団発生頻度等の疫学情報、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
(1) HapSTR解析(STR/マイクロサテライト多型を隣接領域のSNPハプロタイプとの連携により、STRの同祖性を保証するもの。Shimada et al. Mol Biol Evol, 2007)、
(2) VarySysDB(ヒト遺伝子多様性データベース。Shimada et al. Nucleic Acids Res, 2009)、
*産学共同研究の問い合わせは藤田医科大学産学連携推進センター(fuji-san@fujita-hu.ac.jp)まで。
教育内容・方法の工夫(授業評価等を含む)
件名
第1回藤田保健衛生大学医学部医学情報教育ワークショップ「eラーニングシステムを体験する―Moodleの基礎―」修了
開始年月日
2014/06/24
終了年月日
2014/07/08
件名
藤田保健衛生大学内Faculty Development講習受講
開始年月日
2012/08/07
終了年月日
2012/08/07
概要
「ティーチング・ポートフォリオTPの導入・活用の実際と課題」
外部講師: 土持ゲーリー法一
(帝京大学高等教育開発センター長 ファカルティ・ディベロッパー
作成した教科書、教材、参考書
件名
大学院特別講義資料(Web公開)
開始年月日
2012/10/09
概要
名古屋大学医学研究科での大学院特別講義資料を以下にて公開している。
http://tinyurl.com/shimada-mk/
その他教育活動上特記すべき事項
件名
学内アセンブリ教育サッカー班(アセンブリI)
開始年月日
2009/05/11
概要
学内アセンブリ教育(各学部・学校1年時)サッカー班
件名
学内アセンブリ教育・サイエンスカフェ参加(アセンブリII)
開始年月日
2017/04/01
概要
総合医科学研究所主催第2回メディカル・サイエンス・カフェの実行委員として学内アセンブリII(プロジェクト代表:倉橋総医研所長)活動を指導した。
件名
卒論指導
開始年月日
2018/04/02
終了年月日
2018/10/15