（1）１回採取法：尿検査用試験紙による定性反応に利用。小動物を背側から左手で保定し、右手で下腹部を尿道口に向けてゆっくりと圧迫摩擦すると排尿するので、尿を時計皿などに採取する。

（2）蓄尿法：排尿量、投与薬物などの尿中への排泄の有無、生体内代謝物質の検出等に利用。市販されている代謝ケージに動物を収容し、一定期間内に排泄した尿を採尿する。

（3）カテーテルによる採尿法：中動物に実施可能な方法で、膀胱内に貯留している尿をカテーテルによって強制的に採取する。

（4）膀胱穿刺による採尿法：動物の解剖時に開腹し、直接膀胱から注射針で採尿する。採取時に血液等の混入に注意すること。

採糞棒（綿棒）などを肛門から挿入し、直接新鮮糞を採取する方法がよく用いられる。
その他としてケージのトレーなどに自然に排泄されたものを採取する方法や動物を解剖し、腸管を切り開いて盲腸内容物を直接採取する方法もある