DNAシーケンサー
DNAシーケンサー
| 型式 (メーカー) |
ABI SeqStudio Genetic Analyzer (Thermo Fisher Scientific) |
| 特徴・仕様 など |
初回使用前に、使用講習を受ける必要があります。下記の担当者へ連絡をお願いいたします。 DNAの塩基配列を解読する装置 〈特徴〉 ・キャピラリー電気泳動によるDNAシーケンサー ・1回の解析（ラン）で最大4サンプルを同時に解析 ・解読したいDNAの長さ(bp)に合わせて、３種類のランモジュールが選択可能 ShortSeq（約350 bp、ランタイム30分） MediumSeq（約500 bp、ランタイム45分） LongSeq（約700 bp、ランタイム120分) 〈仕様〉 ・キャピラリー数：4 ・検出蛍光色素数：6 ・サンプルフォーマット： 96ウェルプレート 〈アプリケーション〉 ・サンガーシーケンシング （リシーケンス、NGSデータの確認、indels:ヘテロ結合体検出、マイナー変異検出） ・フラグメント解析 （マイクロサテライト解析、MLPA、 SNaPshotアプリケーションとの互換性、細胞認証） 〈解析ソフト〉 ・Sequencing analysis（シーケンス波形閲覧ソフト） 2019年3月設置 |
| 設置場所 | 中央研究センター（大学1号館3階317号室） |
| 備考 | ・初回使用前に、使用講習を受ける必要があります。下記の担当者へ連絡をお願いいたします。 ・本機器を利用する際は、必ず機器予約システムにて予約をお願いいたします。 ・ご利用の際は必ず機器に備え付けの利用簿へご記入をお願いいたします。 ・本装置を使用した「DNAシーケンス受託解析」を行っています。詳しくは共利研HPの「受託」ページをご覧ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
塚本（タンパク質・遺伝子解析室） 9928 |
| 利用料 | 600円／ラン |
機器写真
DNAシーケンサー
| 型式 (メーカー) |
ABI 3500 Genetic Analyzer (Thermo Fisher Scientific) |
| 特徴・仕様 など |
初回使用前に、使用講習を受ける必要があります。下記の担当者へ連絡をお願いいたします。 DNAの塩基配列を解読する装置 〈特徴〉 ・キャピラリー電気泳動によるDNAシーケンサー ・1回の解析（ラン）で最大8サンプルを同時に解析 ・解読したいDNAの長さ(bp)に合わせて、4種類のランモジュールが選択可能 ShortReadSeq（CRL値 約300 bp、ランタイム30分） RapidSeq（CRL値 約500 bp、ランタイム40分） FastSeq（CRL値 約700 bp、ランタイム65分） StdSeq（CRL値 約850 bp、ランタイム125分) ※CRL値 :平均QV≧20領域 〈仕様〉 ・キャピラリー：8本、50cm ・ポリマー：POP7 ・検出蛍光色素数：6 ・サンプルフォーマット： 96ウェルプレート、8連チューブ 〈アプリケーション〉 ・サンガーシーケンシング （リシーケンス、NGSデータの確認、indels:ヘテロ結合体検出、マイナー変異検出） ・フラグメント解析 （マイクロサテライト解析、MLPA、 SNaPshotアプリケーションとの互換性、細胞認証） 〈解析ソフト〉 ・Sequencing analysis（シーケンス波形閲覧ソフト） ・SeqScape(変異解析ソフト) 2022年2月設置 |
| 設置場所 | 中央研究センター（大学1号館3階317号室） |
| 備考 | ・初回使用前に、使用講習を受ける必要があります。下記の担当者へ連絡をお願いいたします。 ・本機器を利用する際は、必ず機器予約システムにて予約をお願いいたします。 ・ご利用の際は必ず機器に備え付けの利用簿へご記入をお願いいたします。 ・本装置を使用した「DNAシーケンス受託解析」を行っています。詳しくは共利研HPの「受託」ページをご覧ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
塚本（タンパク質・遺伝子解析室） 9928 |
| 利用料 | 1200円／ラン |
機器写真
次世代シーケンサー
| 型式 (メーカー) |
MiSeq （illumina） |
| 特徴・仕様 など |
<特徴> ・illumina社製のスモールスケールのショートリード次世代シーケンサー。 ・配列1塩基ごとに蛍光色素を画像で取得していくためシーケンスの正確性が高い。 ・ターゲット遺伝子シーケンス、16Sメタゲノム解析、ウイルスや微生物などの小規模のゲノム解析に適している。 <仕様> ・1ラン当たり540 Mb–15 Gbの出力、100万～2500万リード数、36 bp ×1, 25 bp ×2, 150 bp x2, 250 bp x2, 75 bp ×2, 300 bp ×2のリード長でシーケンス。 ・フローセルキットはMiSeq Reagent Kit v2, MiSeq Reagent Kit v3, MiSeq Reagent Kit v2 Micro, MiSeq Reagent Kit v2 Nanoとラインナップがあり必要出力に応じて選択する。 |
| 設置場所 | 中央研究センター（大学1号館3階317号室） |
| 備考 | 本機器を利用する際は、担当者へご相談ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
杉原（ゲノム解析室） 9372 |
| 利用料 | ― |
機器写真
次世代シーケンサー
| 型式 (メーカー) |
NextSeq2000（illumina） |
| 特徴・仕様 など |
<特徴> ・illumina社製のミドルスケールのショートリード次世代シーケンサー ・配列1塩基ごとに蛍光色素を画像で取得していくためシーケンスの正確性が高く、従来の同社シーケンサーと比較して一塩基単位のクォリティも向上。 ・高速で処理するため11～48時間以内でシーケンス解析が終了する。 ・遺伝子パネルシーケンス、全エクソンシーケンス、RNAシーケンス、ChIPシーケンス、ATACシーケンス、小規模のシングルセルRNAシーケンスに適している。 <仕様> ・1ラン当たり40～330 Gbの出力、4億～11億のリード数、50 bp x2, 100 bp x2, 150 bp x2のリード長でシーケンス。 ・フローセルキットはP1, P2, P3 Reagent Kitとラインナップがあり必要出力に応じて選択する。 |
| 設置場所 | 病院検査棟検査室（大学病院） |
| 備考 | 本機器を利用する際は、担当者へご相談ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
杉原（ゲノム解析室） 9372 |
| 利用料 | ― |
機器写真
次世代シーケンサー
| 型式 (メーカー) |
PromethION 24（Oxford Nanopore Technologies） |
| 特徴・仕様 など |
<特徴> ・Oxford Nanopore Technologies社製のハイスループットのロングリードシーケンサー。 ・DNAやRNAが非導電性膜に埋め込まれたタンパク質のナノポアを通過する際に起こる電流の変化を計測することで塩基配列を解析。 ・直接核酸塩基を解析することができ、1万リード以上の非常に長い配列情報が得られる。 ・全ゲノムシーケンス、ゲノム構造解析、ロングリードメタゲノム解析、RNAシーケンス解析（スプライシングバリアント解析）、メチル化解析、植物ゲノム解析、新規生物種ゲノム解析などに適している。 <仕様> ・PromethION専用フローセルを最大24個同時解析が可能 ・1フローセルあたりの出力は約30Gb〜120Gb ・リード長：解析種類によって異なる。約kb数kb〜数百kb。 |
| 設置場所 | 中央研究センター（大学1号館3階317号室） |
| 備考 | 本機器を利用する際は、担当者へご相談ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
杉原（ゲノム解析室） 9372 |
| 利用料 | ― |
機器写真
画像説明文
次世代シーケンサー
| 型式 (メーカー) |
GridION（Oxford Nanopore Technologies） |
| 特徴・仕様 など |
<特徴> ・Oxford Nanopore Technologies社製のミドルスケールのロングリードシーケンサー。 ・DNAやRNAが非導電性膜に埋め込まれたタンパク質のナノポアを通過する際に起こる電流の変化を計測することで塩基配列を解析。 ・直接核酸塩基を解析することができ、1万リード以上の非常に長い配列情報が得られる。 ・全ゲノムシーケンス、ゲノム構造解析、ロングリードメタゲノム解析、RNAシーケンス解析（スプライシングバリアント解析）、メチル化解析、植物ゲノム解析、新規生物種ゲノム解析などに適している。 <仕様> ・最大5フローセルの同時解析が可能 ・1フローセル当たりの出力は約5～20Gb ・リード長は解析種類によって異なる。約数kb〜数百kb。 |
| 設置場所 | ゲノム解析室（大学4号館1階106号室） |
| 備考 | 本機器を利用する際は、担当者へご相談ください。 |
| 機器担当者 内線番号 |
杉原（ゲノム解析室） 9372 |
| 利用料 | ― |
機器写真
